Foraminifera từng được xếp vào nhóm Protozoa,[4][5][6] hoặc nhóm tương tự Protoctista hoặc giới Protista.[7][8] Có bằng chứng thuyết phục theo phân tích phân tử thì xếp chúng vào một nhóm chính trong Protozoa gọi là Rhizaria.[4] Trước khi phát hiện ra quan hệ tiến hóa của các loài trong giới Rhizaria, Foraminifera từng được xếp chung với các Amoeboid khác thành ngành Rhizopodea (hay Sarcodina) trong lớp Granuloreticulosa. Các phân loại dự trên hình thái hiện vẫn còn được sử dụng.

Vị trí phân loại của Foraminifera đã thay đổi từ khi nó được công nhận là protozoa bởi Schultze năm 1854,[9] trước đó, hầu tác giả hết đều cho rằng nó được xếp vào đơn vị phân loại là bộ, nhưng thỉnh thoảng cũng được xem là lớp. Leoblich và Tappan (1992)[10] xác định Foraminifera là lớp theo các phân loại trước đó của nó (là Foraminiferida) trong quyển Treatise on Invertebrate Paleontology. Một số hệ thống phân loại xếp Foraminifera là ngành, ngang hàng với amoeboid Sarcodina mà trước đây nó là đơn vị phân loại trực thuộc.

Mặc dù vẫn chưa được chứng minh bằng các mối quan hệ hình thái, các dữ liệu phân tử đã cho thấy Foraminifera có quan hệ gần gũi với Cercozoa và trùng tia (Radiolaria), cả hai nhóm này cũng thuộc amip có vỏ phức tạp; 3 nhóm này hình thành nên giới Rhizaria.[5]